Acerca de la originalidad de la filosofía de Zubiri, el antropólogo médico Pedro Laín Entralgo ha escrito lo siguiente: "En una época en que la realidad en cuanto tal ha sido temáticamente desconocida (neopositivismo), radicalmente ontologizada, esto es, sometida a la limitación de no ser más que ser (Heidegger), declarada absurda (existencialismo) o unilateral y dictatorialmente interpretada (marxismo), el pensamiento de Zubiri se ha aplicado con singular eficacia intelectual a la ardua empresa de salvarla histórica, científica y metafísicamente. Apoyado, en consecuencia, tanto en un enfrentamiento personal con lo que desde Heráclito y Parménides ha sido la filosofía, cuando en verdad han querido los filósofos que fuese "seria", y sobre la asunción filosófica de lo que acerca de las diversas provincias de lo real dice la ciencia positiva, desde la lingüística a la astrofísica, como sobre la experiencia de la propia vida personal. Y afirmando taxativamente, a la vez, la radical libertad del acto de pensar y la constante apertura de toda creación filosófica hacia un futuro innovador".

a) La filosofía de Zubiri ofrece un planteamiento limpiamente intramundano del problema de Dios y del acceso a Dios; un Dios no entendido como causa primera y primer motor del mundo, a la manera aristotélica, tomista, cartesiana, newtoniana, sino como fundamento último del poder de lo real.

c) La consideración de la fe cristiana como un acicate intelectual, y no como lecho o freno de la inteligencia; algo, por tanto bien distinto de lo que para tantos españoles ha sido y sigue siendo.
d) La vivencia y el ejercicio de la fe cristiana como un modo de vida en libertad; fiel, en consecuencia, a la condición de "rationabile obsequium" que para definir la autenticidad enuncia San Pablo.

En nuestra tradición cultural empleamos genéricamente los términos materia y espíritu para describir toda la riqueza del fenómeno humano: cuerpo, sensaciones, sentimientos, palabras, ideas, conceptos. Nos parece natural que en cada persona haya dos realidades: la material y la espiritual; una nos pone en relación con las cosas materiales y la otra con lo no material. Pero, puestos a describir ambas realidades, la dificultad aumenta, como muestra Xavier Zubiri en una de sus últimas obras póstumas: Espacio, Tiempo, Materia, y Pedro Laín Entralgo en Cuerpo y Alma. Zubiri define así la materia: "Cosa material es sistema constructo de cualidades sensibles o de lo formalmente necesario para ellas. Por su parte, Laín distingue tres tipos de realidad material: a) lo que percibimos por los sentidos, b) las partículas subatómicas, c) esa materia cuya existencia nos vemos obligados a admitir, cuya percepción no es posible pero a la que nos obliga la observación y el cálculo, lo que termina, según Heisenberg en algo enigmático, transmaterial de alguna manera y transenérgico, que puede devenir como materia o como energía. La Física actual nos obliga a amplificar el concepto de materia, desde la experiencia sensorial a la teoría científica, donde materia sería el conjunto de partículas elementales que se resuelven en la teoría de los campos.

El concepto espontáneo de espíritu es más ambiguo que el de materia. En el Antiguo Testamento se emplea el término "basar" para referirse al cuerpo, y "ruah" para referirse al espíritu; éste es soplo, viento que vivifica la carne. Morir es exhalar el espíritu o dejar de respirar. Cuando se utiliza la palabra carne (sarx), es para designar la condición de creatura, al hombre total. En el Nuevo Testamento emplea San Pablo las palabras carne y espíritu en sentido moral, no como principios metafísicos. Carne es todo lo que está sometido al poder del pecado (Gál 2, 20: Filp 1, 22), y espíritu lo que está sujeto a la gracia (Rom 8, 4-6; Gál 5, 17). La lucha entre la carne (sarx) y el espíritu (pneuma) es moral. No es traducible al dualismo griego materia-espíritu, tal como se hizo después. El alma (psique) está más cerca del mundo de las ideas que de la materia, la cual tiene valor negativo. La escolástica convierte la psique en forma substancial del cuerpo: lo material degrada al hombre y lo espiritual lo eleva. El mecanicismo cartesiano da al dualismo clásico un carácter más científico, pero radicalizando la separación entre alma y cuerpo. La Física actual ha cambiado radicalmente el concepto de materia y nuestra manera de ver el mundo. La materia y el espíritu aparecen con un nuevo rostro. Y también la vida.

Por lo que respecta a la vida, la base de ésta es la célula: unidad de estructura y funciones integradas, en continuo intercambio con el medio entorno de materia, energía e información. Tiene capacidad de engendrar estructuras semejantes a sí misma. La ciencia afirma la existencia de una continua emergencia de novedad hacia organismos de sistema nervioso central cada vez más desarrollado y complejo. La sucesión materia, vida, espíritu nos plantea interrogantes: ¿El devenir de materia, vida, espíritu ha sucedido una sola vez o sigue repitiéndose? ¿Sigue apareciendo la vida en otros lugares distintos de nuestro universo? ¿La emergencia del espíritu es una cualidad de la materia? Desde la concepción griega de la materia no es posible la emergencia del espíritu, porque son dos principios constitutivos de distinta naturaleza. Durante muchos siglos ha operado la cultura cristiana con este esquema griego, dando lugar a una antropología poco fiel al sentido de la Biblia sobre el hombre, "creado a imagen y semejanza de Dios". El barro no es materia deleznable, sino imagen de nuestra condición de criaturas, aunque divinas.

La palabra "emergencia" no satisface ni a Zubiri ni a Laín, porque emergencia es una metáfora para indicar que algo que estaba sumergido, emerge. Pedro Laín la sustituye por "brotar", pero no como brota el agua escondida bajo la peña, sino como algo que la materia es capaz de "dar de sí".

Por su parte, Xavier Zubiri emplea la expresión "elevación". "Elevar es hacer que lo que es de suyo constituya un suyo que actúe por su carácter formal de realidad. En toda elevación hay un momento de homogeneidad física entre lo elevado y aquello a lo que se eleva". Esto es lo que hace exclamar a Laín: "Mi cuerpo: yo". Lo psíquico surge como expresión de la potencialidad de realidad de la materia. Cuando el estímulo se eleva al orden de realidad, tenemos la inteligencia sentiente. El poder de elevación es del cosmos mismo. Escribe Zubiri: "La materia tiene intrínsecamente un sistema de capacidades de dar de sí. A este dar de sí es a lo que llamé potencialidades. No hay la menor duda de que la materia da de sí al hombre. Por tanto, la hominización es una potencialidad de la materia". Pero "las potencialidades no son tan sólo potencialidades de dar por sí mismas, sino que pueden ser potencialidades de dar de sí por otro". ¿Qué sentido da Zubiri a la expresión "por otro"? ¿Se refiere a un principio externo a la materia?

El hombre no es un agregado de materia corporal y psique, sino que todo él es una realidad psicosomática. Esta elevación estructural es la hominización. Surge de la potencialidad de la materia, mediante un proceso de transformación, sistematización, génesis y elevación. Zubiri designa la realidad humana con el nombre de substantividad, porque explica simultáneamente la subjetualidad: ser soporte de propiedades, y la originalidad: ser origen de determinadas notas activas o pasivas, es decir, realizarse. La materia produce algo nuevo por sistematización. La diferencia entre la substantividad animal y la humana radica en la forma de ser "de suyo". Un "de suyo" cerrado en el animal (ser sí mismo, actuación de lo que ya es talitativamente), y un "de suyo" abierto en el hombre, porque connota las cosas físicas como realidad. El "hombre es animal de realidades", se hace a sí mismo y configura su realidad. "La substantividad humana es un sistema estructural tal que, por su propia estructuración (tanto psíquica como físico-química) está inconcluso en su manera de ser "de suyo" y lo está precisamente para poder ser viable incluso orgánicamente. En su estructuración misma, el hombre es una substantividad que sólo es viable por ser abierta".

Zubiri agrega a la substantividad humana dos momentos complementarios: el de la personeidad (momento original) y el de la personalidad (momento procesual). El segundo momento indica que en la substantividad humana, además de la "emergencia" de propiedades que brotan naturalmente de las substancias corporales, hay otras cuya raíz no es una emergencia, sino una "apropiación" de posibilidad. Así, la virtud o la ciencia no son notas que el hombre tiene por su naturaleza física, como tiene el talento o el color de los ojos. La realidad humana física es sujeto de las propiedades que posee por razón de las substancias. En este sentido, está "por debajo de" las propiedades, es sujeto "sub-stante". Pero al mismo tiempo está "por encima de" ellas, puesto que las apropia por aceptación. En este aspecto el hombre no es únicamente "sub-stante", sino también "supra-stante".

Poniendo por base la metafísica intramundana de Xavier Zubiri, el médico Pedro Laín elabora un concepto "integral" de ser humano como aglutinador de los hallazgos científicos y de las interpretaciones filosóficas más en boga. La fidelidad a los datos de la ciencia positiva sobre el cuerpo humano le lleva a tener que afirmar la unidad del hombre, una idea que también ve reflejada en la antropología bíblica. Ser monista no conlleva ser materialista, sino antidualista. Los actos humanos superiores-autoconciencia, decisión, responsabilidad-no son debidos a una entidad no corporal o supracorporal-alma, espíritu-, sino a la especial estructura de la materia. "Son propiedades sistemáticas de la estructura material y dinámica que es el cerebro humano". No se trata de negar el alma en el sentido que lo hacen los conductistas, sino de no contraponer en el hombre dos realidades: alma y cuerpo. "El alma del hombre es para mí la unidad de acción de la estructura específica del ser humano". Es decir, "el cuerpo es el ser del hombre y, por serlo, el agente, el actor y en cierto modo el autor de todo lo que en el mundo y dentro de sí es y hace el hombre".

De acuerdo con el concepto de estructura: "conjunto sistemático de notas, espacial y dinámicamente ordenado", la realidad del hombre es también y sólo la del cuerpo, o si se quiere, materia somática y personal. "Nuestro cuerpo es materia cósmica estructuralmente construida y específica y personalmente diferenciada. Y nuestro cerebro, la formación anatomofisiológica y anatomopsicológica que más inmediatamente ejecuta la actividad propia de esta estructura material".